Se localiza en el primer piso del Antiguo Palacio del Ayuntamiento. El inmueble tiene una larga historia que se remonta hasta el siglo XVI, cuando después de la conquista de México Tenochtitlan. El Museo lo conforma el Salón de Cabildos, los salones de Virreyes y el Centro Documental Francisco Gamoneda. Además, en uno de sus patios de exhiben muestras fotográficas.

El edificio del Ayuntamiento es la sede de la Jefatura de Gobierno de la Ciudad de México. Reabrió sus puertas al público el 5 de diciembre de 2018 con el objetivo de que los habitantes y visitantes de la ciudad aprendan sobre su patrimonio histórico a través de diversas actividades culturales.